conda update removed conda
I have just updated conda, and I fell into an error from which I could not recover so far.
I am copying here the essential lines that illustrate the apparent problem (and below the full output).
The update removed conda, and then exited prior to finishing due to a version mismatch.
So now I don't have any version of conda (nor conda-env).
How can I solve this, preferably without reinstalling everything?
$ conda update --prefix /home/user1/anaconda3 anaconda
Fetching package metadata .........
...
Warning: 2 possible package resolutions (only showing differing packages): - conda-forge::brotlipy-0.7.0-py36he6145b8_1001.tar.bz2 - conda-forge::brotlipy-0.7.0-py36h8f6f2f9_1001.tar.bz2
...
The following packages will be UPDATED: conda: 4.2.13-py36_0 conda-forge --> 4.10.3-py36h5fab9bb_2 conda-forge conda-env: 2.6.0-0 conda-forge --> 2.6.0-1 conda-forge
...
Fetching packages ...
...
Extracting packages ...
[ COMPLETE ]|################################################################################################################################################| 100%
Unlinking packages ...
[ COMPLETE ]|################################################################################################################################################| 100%
Linking packages ...
Installing conda-forge::conda-env-2.6.0-1 requires a minimum conda version of 4.3. | 9%
[~/anaconda3/bin]$ conda --version
bash: /home/user1/anaconda3/bin/conda: No such file or directoryComplete output
$ conda update --prefix /home/user1/anaconda3 anaconda
Fetching package metadata .........
Solving package specifications: ..........conda update --prefix /home/user1/anaconda3 anaconda
Warning: 2 possible package resolutions (only showing differing packages): - conda-forge::brotlipy-0.7.0-py36he6145b8_1001.tar.bz2 - conda-forge::brotlipy-0.7.0-py36h8f6f2f9_1001.tar.bz2
Package plan for installation in environment /home/santiago/anaconda3:
The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- _libgcc_mutex-0.1 | conda_forge 3 KB conda-forge blas-1.0 | mkl 6 KB conda-env-2.6.0 | 1 2 KB conda-forge libstdcxx-ng-11.2.0 | he4da1e4_14 4.2 MB conda-forge libgomp-11.2.0 | h1d223b6_14 429 KB conda-forge _openmp_mutex-4.5 | 1_gnu 22 KB conda-forge charset-normalizer-2.0.12 | pyhd8ed1ab_0 35 KB conda-forge idna-3.3 | pyhd8ed1ab_0 55 KB conda-forge python_abi-3.6 | 2_cp36m 4 KB conda-forge certifi-2021.5.30 | py36h5fab9bb_0 141 KB conda-forge libgcc-ng-11.2.0 | h1d223b6_14 906 KB conda-forge pysocks-1.7.1 | py36h5fab9bb_3 27 KB conda-forge setuptools-58.0.4 | py36h5fab9bb_2 966 KB conda-forge tqdm-4.63.1 | pyhd8ed1ab_0 80 KB conda-forge brotlipy-0.7.0 |py36he6145b8_1001 347 KB conda-forge conda-package-handling-1.7.3| py36h8f6f2f9_0 916 KB conda-forge libgcc-7.2.0 | h69d50b8_2 304 KB conda-forge pycosat-0.6.3 |py36h8f6f2f9_1006 107 KB conda-forge urllib3-1.26.9 | pyhd8ed1ab_0 100 KB conda-forge requests-2.27.1 | pyhd8ed1ab_0 53 KB conda-forge conda-4.10.3 | py36h5fab9bb_2 3.1 MB conda-forge ------------------------------------------------------------ Total: 11.7 MB
The following NEW packages will be INSTALLED: _libgcc_mutex: 0.1-conda_forge conda-forge _openmp_mutex: 4.5-1_gnu conda-forge blas: 1.0-mkl brotlipy: 0.7.0-py36he6145b8_1001 conda-forge certifi: 2021.5.30-py36h5fab9bb_0 conda-forge charset-normalizer: 2.0.12-pyhd8ed1ab_0 conda-forge conda-package-handling: 1.7.3-py36h8f6f2f9_0 conda-forge libgcc-ng: 11.2.0-h1d223b6_14 conda-forge libgomp: 11.2.0-h1d223b6_14 conda-forge libstdcxx-ng: 11.2.0-he4da1e4_14 conda-forge pysocks: 1.7.1-py36h5fab9bb_3 conda-forge python_abi: 3.6-2_cp36m conda-forge tqdm: 4.63.1-pyhd8ed1ab_0 conda-forge urllib3: 1.26.9-pyhd8ed1ab_0 conda-forge
The following packages will be UPDATED: conda: 4.2.13-py36_0 conda-forge --> 4.10.3-py36h5fab9bb_2 conda-forge conda-env: 2.6.0-0 conda-forge --> 2.6.0-1 conda-forge idna: 2.2-py36_0 --> 3.3-pyhd8ed1ab_0 conda-forge libgcc: 4.8.5-2 --> 7.2.0-h69d50b8_2 conda-forge pycosat: 0.6.1-py36_1 --> 0.6.3-py36h8f6f2f9_1006 conda-forge requests: 2.12.4-py36_0 --> 2.27.1-pyhd8ed1ab_0 conda-forge setuptools: 27.2.0-py36_0 --> 58.0.4-py36h5fab9bb_2 conda-forge
Proceed ([y]/n)? y
Fetching packages ...
_libgcc_mutex- 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.04 MB/s
blas-1.0-mkl.t 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.82 MB/s
conda-env-2.6. 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.25 MB/s
libstdcxx-ng-1 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 10.47 MB/s
libgomp-11.2.0 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.21 MB/s
_openmp_mutex- 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.91 MB/s
charset-normal 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.50 MB/s
idna-3.3-pyhd8 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.79 MB/s
python_abi-3.6 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.75 MB/s
certifi-2021.5 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.25 MB/s
libgcc-ng-11.2 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 5.92 MB/s
pysocks-1.7.1- 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 6.94 MB/s
setuptools-58. 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.22 MB/s
tqdm-4.63.1-py 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.16 MB/s
brotlipy-0.7.0 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.80 MB/s
conda-package- 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.15 MB/s
libgcc-7.2.0-h 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.38 MB/s
pycosat-0.6.3- 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 2.52 MB/s
urllib3-1.26.9 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 3.71 MB/s
requests-2.27. 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:00 7.28 MB/s
conda-4.10.3-p 100% |#############################################################################################################################| Time: 0:00:01 1.99 MB/s
Extracting packages ...
[ COMPLETE ]|################################################################################################################################################| 100%
Unlinking packages ...
[ COMPLETE ]|################################################################################################################################################| 100%
Linking packages ...
Installing conda-forge::conda-env-2.6.0-1 requires a minimum conda version of 4.3. | 9%
[~/anaconda3/bin]$ conda --version
bash: /home/user1/anaconda3/bin/conda: No such file or directory
